Las EFS jurisdiccionales tienen sus orígenes históricos en la Edad Media europea, cuando los soberanos crearon instituciones para supervisar el uso de las finanzas públicas. Las primeras instituciones de este tipo aparecieron en Francia bajo el reinado de Felipe V, que creó la Chambre des Comptes en 1318, y en España, donde se fundó el Tribunal de Cuentas en 1437 bajo el reinado de Juan II de Castilla. Estas instituciones, a menudo adscritas directamente al monarca o a una autoridad suprema, tenían como objetivo garantizar la transparencia de los gastos reales y luchar contra los abusos en la administración financiera, y desempeñaron un papel esencial en la consolidación de los Estados nacionales.
En el siglo XIX se crearon los Tribunales de Cuentas más antiguos de Europa en su forma moderna, sobre todo en Francia (1807), Bélgica (1831), Grecia (1833), Portugal (1849) e Italia (1862).
Con los Tribunales de Cuentas de Francia y Bélgica como EFS fundadoras de INTOSAI en 1954, el modelo jurisdiccional siempre estuvo presente en el panorama de la cooperación internacional entre las EFS. De hecho, las EFS con funciones jurisdiccionales siempre han sido activas e influyentes en sus respectivas regiones de la INTOSAI, especialmente en Europa, África y América Latina. Sin embargo, no fue hasta 2015 cuando estas EFS establecieron su primer marco de cooperación internacional, el Foro de EFS Jurisdiccionales, creado bajo los auspicios del grupo de trabajo de la INTOSAI sobre «Valores y beneficios de las EFS».