As ISC jurisdicionais têm as suas origens históricas na Idade Média europeia, quando os soberanos criaram instituições para controlar a utilização das finanças públicas. As primeiras instituições deste tipo surgiram em França, no reinado de Filipe V, que criou a Chambre des Comptes em 1318, e em Espanha, onde o Tribunal de Cuentas foi fundado em 1437, no reinado de João II de Castela. Estas instituições, muitas vezes ligadas diretamente ao monarca ou a uma autoridade suprema, destinavam-se a garantir a transparência das despesas reais e a combater os abusos da administração financeira, tendo desempenhado um papel essencial na consolidação dos Estados nacionais.
O século XIX assistiu à criação dos tribunais de contas mais antigos da Europa na sua forma moderna, nomeadamente em França (1807), Bélgica (1831), Grécia (1833), Portugal (1849) e Itália (1862).
Com a Cour des Comptes de França e da Bélgica como as ISC fundadoras da INTOSAI em 1954, o modelo jurisdicional esteve sempre presente no panorama da cooperação internacional entre ISC. De facto, as ISC com funções jurisdicionais sempre foram activas e influentes nas respectivas regiões da INTOSAI, especialmente na Europa, África e América Latina. No entanto, só em 2015 é que estas ISC estabeleceram o seu primeiro quadro de cooperação internacional, o Forum of Jurisdictional SAIs, criado sob a égide do grupo de trabalho da INTOSAI sobre “SAI values and benefits”.