Les ISC juridictionnelles trouvent leur origine historique dans le Moyen Âge européen où les souverains établissaient des institutions pour surveiller l’utilisation des fonds publiques. Les premières institutions de ce type ont vu le jour en France sous le règne de Philippe V, qui créa, en 1318, la Chambre des comptes et en Espagne où le Tribunal de Cuentas a été fondé en 1437 sous le règne de Jean II de Castille. Ces institutions, souvent rattachées directement au monarque ou à une autorité suprême, visaient à garantir la transparence des dépenses royales et à lutter contre les abus dans l’administration financière et jouaient un rôle essentiel dans la consolidation des États-nations.
Pendant le 19ème siècle, on assiste à la création en Europe des plus anciennes Cour des comptes dans leur forme moderne, notamment en France (1807), en Belgique (1831), en Grèce (1833) au Portugal (1849) et en Italie (1862).
Avec les Cour des comptes de France et de Belgique comme ISC fondatrices de l’INTOSAI en 1954, le modèle juridictionnel était toujours présent dans le paysage de la coopération internationale entre les ISC. En effet, les ISC à fonctions juridictionnelles ont toujours été actives et influentes dans leurs régions de l’INTOSAI respectives surtout en Europe, en Afrique et en Amérique latine. Toutefois, il faudra attendre l’année 2015 pour que ces ISC se dotent de leur premier cadre de coopération international en l’occurrence le Forum des ISC juridictionnelles, créé sous l’égide du groupe de travail de l’INTOSAI sur «les valeurs et bénéfices des ISC».