La Secretaría General es responsable de la gestión diaria de JURISAI y de apoyar a sus órganos de gobierno en el desempeño de sus actividades. En particular, su función consiste en garantizar la coordinación general de las actividades de la organización, la gestión de las tareas administrativas, la elaboración de informes y el mantenimiento de la comunicación con los miembros y las partes interesadas externas.
Este órgano, dirigido por un miembro titular elegido por la Junta General por un mandato renovable de seis (6) años, es responsable de :
- Desarrollar y aplicar políticas y procedimientos ;
- Elaborar y presentar al Comité Ejecutivo el proyecto de presupuesto trienal y presentarle cada año un plan presupuestario actualizado para el año civil en curso y el siguiente, junto con los estados financieros;
- Desarrollar y mantener relaciones con partes interesadas externas, incluidas otras organizaciones de INTOSAI, organismos gubernamentales y donantes.
El cargo de SG lo ostenta actualmente el Tribunal de Cuentas del Reino de Marruecos. En consecuencia, de conformidad con los estatutos de la organización, la sede de JURISAI se encuentra en Rabat.